一、游戏初始阶段
1. 从末白镇出发
玩家出现在未白镇的小货车里，下车见到老妈，然后上楼调整时钟，从电脑取出伤药后下楼。出门受妈妈之托拜访小田卷博士之家（就在隔壁）。到研究所时博士不在，楼后调查精灵球会引出对手。对话后走出房子，往上离开未白镇时看到博士被蛇纹熊追赶。
博士让玩家从旁边背包选精灵战斗赶跑蛇纹熊，之后回研究所，博士送主角火稚鸡并让帮忙找女儿。
穿过101号道路到达古辰镇，古辰镇上方103号道路可遇到女主，击败对手后回未白镇研究所，博士送图鉴，对手送5个精灵球，妈妈还送跑步鞋。
2. 前往橙华市
穿过102号道路来到橙华市，先去上方训练馆（馆主是爸爸），这里会出现小光。帮小光抓完拉鲁拉丝后，爸爸要求玩家收集4枚徽章后再来挑战。
104号道路上方是橙华森林，途中遇到得文公司职员被水舰队小兵拦截，击败小兵得超级球。走出森林在104号道路的一间屋子能取得吼吼鲸喷壶（注意：游戏版本不分白天黑夜时种植物种子无意义）。
二、各城市及道馆攻略
1. 卡那兹市
卡那兹市训练馆
PC中心隔壁房子可获HM01一字斩，然后挑战道馆。馆主杜鹃岩属性，如果是火主推荐练到16级再打，用2连踢。
走出训练馆会遇到之前的职员与小兵。从106道路到卡绿隧道，最右边隧道洞口老头说长翅鸥被水舰队抢走，进去击败小兵得到超级球并归还长翅鸥后回卡那兹市。
找到职员，他带玩家到得文公司找BOSS，BOSS送导航机并让给武斗镇的大吾送信。在卡那兹市下方遇到对手挑战。回橙华森林下面无人小屋跟老头对话，可被送到武斗镇。
2. 武斗镇
武斗镇训练馆
刚到武斗镇可获钓竿，然后挑战道馆。此道馆起初可见度小，打败训练家后可见度慢慢扩大，馆主藤树格斗属性，这里推荐去抓一只勾魂眼来打。
挑战完毕往西北走山洞，跟矿工对话得秘传机05闪光。往洞内深处（需闪光）碰到大吾，送信给他后得招式机47钢翼。回得文公司找BOSS可得到学习装置，再找老头可被送到凯那市。
3. 凯那市
刚到凯那市，水族馆门前有很多水舰队的人。在下方造船厂二楼跟老伯对话可进入水族馆，二楼击败两名小兵后离开凯那市。
在110号道路遇到对手，击败他后可获得探宝仪，继续前进到达紫堇市。
4. 紫堇市
紫堇市训练馆
训练馆门前遇小光，对战后进入。馆主铁旋电属性，这里最好练一只小拳石（地震方便）或者用沼跃鱼的泥浆喷射。道馆宝可梦等级为Lv20、Lv20、Lv22、Lv24。
在精灵中心右边屋子可获自行车（有快速和跳跃两种），右下角屋子可获秘传机06碎岩。
往左走117号道路有饲养屋，继续前进到绿荫镇。绿荫镇上方隧道用碎岩劈掉岩石可获秘传机04怪力。
回紫堇市后往上走111号道路有竞速塔，上方是沙漠地带（暂时不能进）。往左走112号道路有火之捷径，穿过可越过沙漠地带，继续前进穿过113号道路到秋叶镇。
5. 秋叶镇及后续
秋叶镇左边114号道路继续前进到流星瀑布，里面有水舰队和火岩队的人争夺化石。回112号道路，火之捷径旁坐缆车到凹凸山山顶（下车后右上走，黄色横格为楼梯再向上），击败火岩队首领取得化石，回秋叶镇把化石交给研究员。
下山后来到釜炎镇。
釜炎镇训练馆
挑战馆主亚莎火属性，这里推荐抓一只玛力露来打，宝可梦等级为Lv24、Lv24、Lv26、Lv29。
走出训练馆遇到对手，他送一个躲避沙尘暴的道具，之后可去沙漠（沙漠里有虚幻塔可捡化石）。
6. 橙华市（再次挑战）
橙华市训练馆
收集够4枚徽章后回橙华市挑战爸爸。馆主千里普通属性，这里要靠等级压制，或者就用勾魂眼，宝可梦等级为Lv27、Lv27、Lv29、Lv31。
打败爸爸后小光的爸爸出现，送秘传机03冲浪。
7. 茵郁市
获得5枚徽章后经卡绿隧道到紫堇市，右边冲浪到118号道路遇大吾。往上119号道路有高草只能走路前进，最上方气象台被水舰队占领，击败二楼Boss后气象台所长送漂浮泡泡。
出气象台过桥遇对手，打倒她后得秘传机02飞天。
茵郁市训练馆
茵郁市训练馆门前被东西挡住，在120号道路桥上遇大吾，他给喷雾剂解决变隐龙（30级）后送观测镜，这样就能进训练馆挑战馆主娜琪飞行属性，首先去114号道路冲浪抓一只水跃鱼，练高一点去用急冻光线可以很轻松，宝可梦等级为Lv29、Lv29、Lv30、Lv31、Lv32。
在121号道路遇火岩队的人，来到水静市发现被水舰队占领。在百货大楼门前遇对手进行联盟比赛前最后一次比赛，打败他后他飞回家。
水静市入海口被吼吼鲸封锁，得知火岩队在落日山，回水静市打听到凹凸山异常现象（不打听也可进入剧情），飞往釜炎镇坐缆车上山，山腰出现山洞是火岩队秘密基地，深处与首领对战（赤焰松：Lv37、Lv38、Lv39）。
8. 绿岭市
飞到凯那市发现潜水艇被水舰队盗走，飞回水静市右上方水域进入水舰队秘密基地，深处发现首领坐潜水艇逃走，这里可捡到大师球。
离开秘密基地，往右穿过124、125号水路来到绿岭市，先来挑战道馆（馆主是双胞胎）。
三、成为霸主的攻略要点
1. 队伍培养
合理培养队伍，选择不同属性的强力宝可梦，应对各种对手。
2. 技能搭配
掌握技能搭配，合理使用技能组合提高战斗效果。
3. 训练挑战
多进行训练和挑战，提升宝可梦等级和能力。
4. 道具利用
善于利用道具和技能机器，增强队伍战斗力。
5. 心态要求
最重要的是要有耐心和毅力，不断探索和挑战才能成为《口袋妖怪究极绿宝石5.5》的霸主。
