《舰队指挥官》军舰的成型需要船体、装甲、武器、装置组合搭配，从而形成强力的战舰。这次主讲武器的详细信息，武器一共区分弹道分类、制导分类、高爆分类、水下武器等4种武器分类。
【弹道武器】
弹道分类武器的属性，射速快、射程短、子弹飞行快。在舰队近战中使用，或者配备为近战防御使用而不作为主力战斗武器。基地战中弹道分类的武器无法越过城墙直接攻击目标，需要优先将城墙摧毁。
【制导武器】
制导武器分类属性，射程远、射速慢、子弹自动跟踪目标。常作为舰队的主力武器，基地战内可以直接翻越城墙攻击目标，作为舰队战的主力武器而存在。
【高爆武器】
高爆分类武器属性，射程远、射速慢、溅射伤害、子弹飞行慢、无法自动跟踪目标。基于高爆武器子弹不跟踪而却飞行慢的情况下，舰队战很容易让对方躲避。因此高爆武器常作为基地战的主力武器，攻击固定目标的一把好手。
【水下武器】
水下武器属性，射程远、射速慢、自动跟踪目标、仅特殊船体可配备。作为唯一可攻击水下潜艇的武器，其同制导武器一样具有相应的特征，但需要注意水下武器无法攻击陆地上的建筑，因此基地战基本用不到。
